Все сигналы, выходящие с платы, нужно защитить с помощью обратносмещенных диодов (удобнее использовать сборки а-ля BAV99 - анод первого диода к земле, катод второго - к питанию, среднюю точку - к защищаемому сигналу). В разрыв цепи нужно добавить 2 резистора - один между средней точкой диодной сборки и внешним миром, другой - между средней точкой и входом (выходом) АЦП. Параллельно диодам по питанию нужно поставить фильтрующие конденсаторы (керамика плюс тантал). Крайне желательно, чтобы плата была многослойной, с неразрывным слоем земли (а лучше земли и питания). Диоды и конденсаторы должны быть подключены к питанию короткими и толстыми трассами (с минимальной индуктивностью).