Пример батника:Stk500.exe -ms -cCOM4 -I1MHz -dATmega168 -e -ifAVR_v1.4.hex -pf -vf -fC4FF -FC4FF -EF9 -GF9 -lFC -LFCpause
Не знаю как в юниксе, в хп работает отлично. Тоже самое jtagice и аврдрагон.