Atmel рекомендует исползовать для этого именно внешние прерывания. В AVR невозможно вызвать фиктивное прерывание без физического события путем установки флага прерывания. В ScmRTOS использованно прерывание от компраратора, но тоже используются внешние ноги. Я думаю можно использовать прерывание по пустому UDRE или прерыывания по таймеру.