все задачи ("прочая лабуда") должны быть написаны так, чтобы использовали процессорное время квантами. Длина кванта - не больше максимально допустимого времени реакции системы. Проверять флаг нужно только в одном месте, внутри основного цикла. Эта проверка и запуск Вашей функции является отдельной задачей ОС.