CFLAGS += -I./include
ну или (взял из какого-то шаблона):
EXTRAINCDIRS = ./include
CFLAGS += $(patsubst %,-I%,$(EXTRAINCDIRS))
для нормальной работы индексера прописую этот путь в свойствах проекта -- с/c++ general -- paths and symbols -- вкладка include
но индексер вроде и так работает неплохо.