1) Объявите массив как extern unsigned char __flash const ee_constant[2000]; а линкеру опцией -Dee_constant=.2048 задайте адрес массива.
2)С точки зрения С массив и указатель - суть одно и то же. Объявите указатель и работайте через него. Чтобы лишняя память под указатель не выделялась - объявите статическим его в .h:
static unsigned char __flash const *const ee_content = (unsigned char __flash const *const)2048;
т дельше работайте как с массивом. Не забудьте включить оптимизацию и посмотреть листинг. В С с плюсами такое 100% работает, простой С может все же завести указатель. Тогда смотрите п.3
3)Объявите указатель через #define ee_const (unsigned char __flash const *const)2048

Во всех трех случаях работа с массивом идентична: a=ee_content[2];