Когда-то я пользовал Doxigen, но он мне не понравился, больно убогая дока получалась.
Что-нить современное, с шаблонами, чтобы можно было chm на выходе иметь, а лучше сразу pdf. :)
Писать отдельную доку на исходники - это занятие для отдельного чела и никто по-моему этого не делает, хотя было бы совсем не плохо. Вот для себя хочу автодокументирование вевсти, чтобы из комментов к декларациями (прототипам) и реализациям тулза сама выдёргивала.
Ещё вроде есть php - документатор какой-то, он мне слишком сложным показался. Может заново надо глянуть.