А скорость нарастания напряжения питания на это не влияет?
Тактовая частота подается достаточное время (до снятия reset)?
Устройство, когда не работает, определяется на шине (конфигурационное пространство видно)? Базовые адреса назначены?
Какие логические уровни сигналов на шине? 3.3 вольта? А от контроллера какие уровни?

Стабильность - да, можно проверить перекачкой архивов. Еще хорошо бы подключить к карточке несколько устройств одновременно. Плюс параллельно запустить нагружающие шину памяти операции, что-то типа работы DMA (например чтение с диска).