если коротко - нужно сначала скомпилировать по отдельности каждый с-файл в .o (avr-gcc -c ключи_компиляции), потом их все слинковать в один .elf (avr-gcc ключи_компиляции ключи_линковки), и сконвертировать .elf в .hex (avr-objcopy).
специально для этого написал генератор .bat файла на Питоне :
http://ukpyr.narod.ru/ul_py_make.zip