Копированиее сваливаю все компоненты в кучку - PCAD разрешает наваливать друг на друга.

Потом делаю финт ушами.
1 Выбираю в схеме микросхему или группу с обвязкой.
2 Прячу в буфер(CTRL-X)
3 Сохраняю в файл. ECO генерится тоже.
4 Выставляю часть схемы из буфера на старое место Сохраняю в файл. ECO генерится тоже
5 Импортирую в PCB ECO.

В результате получаю две "кучи" компонентов
В одной куче компоненты связаны между собой множественными связями.

Поделив таким образом всю чхему на несколько куч, можно эти кучи рассыпать по плате в наиболее "правильном" предполагаемом порядке.

Затем запустить Specctr-у и посмотреть процент разведенных дорожек.

Перемешиваю кучи местами желательно добится 90% или выше.

Затем можно приступать к перестановке компонентов, поворачиванию сдвиганию и тд.