ставят не так уж редко - вон даже у С8051 силабсовских есть. Правда кварц не часовой, а высокочастотный. Да и RC-цепи на шинах (SPI и др.) тоже не редкость, но как правило для этих решений есть более веские основания, чем навесной монтаж ;=)
ИМХО из действительно необоснованных (неграмотных) решений здесь только С14, всё остальное (в т.ч. и С3+С6) - просто некоторая кривизна, недопонимание, попытки перестраховаться