В Altuim Designer есть такая фича - подсчёт длины проводника. Я проверял некоторые референтные дизайны - там длины проводников в паре не только подогнаны с точностью до микрона, но они и разведены согласованно - фронты, одновременно вышедшие из микросхемы или пришедшие с разъёма, так рядышком и идут по паре до самого конца.

Т.е. если у тебя один провод оказался длиннее второго, то бесполезно вносить удлинение во второй провод в другом месте - всё равно рассогласование уже получается. Лучше попробовать переразвести по-другому.

Ну на частоте 1.25 ГГц можно рассогласование длины проводников позволить до нескольких миллиметров - должно ещё работать.