сам генератор не глохнет, возможно слишком долго раскачивается или происходят какие то перебои в самом начале, в результате чего MCLK автоматом переводится на тактирование от DCO/ см. Figure 4−9. Oscillator-Fault Signal (SLAU049)
а на пине P5.5 Вы видете уже стабилизированные осцилляции.

"Не могу понять, почему его сигнал доходит до SMCLK, но не доходит до MCLK???"
потому как SMCLK это почти "прямой" выход генератора, а MCLK завязан на логику OSCfault и автоматом переключается на ДРУГОЙ ИСТОЧНИК.

проведите такой эксперимент с программой:
1. запустите генератор
2. подождите 1 сек
3. сбросте OFIFG
4. переключите MCLK на XT2

а вообще странно все это, никогда не было такого, стандартного цикла хватало чтоб все запускалось. PS попробуйте взять пример от TI на XT2 и запустите его.