Значит было открыто два окна PCADa. C двумя разными pcbшниками.
Обзовем Pcad1 c pcb1 и PCAD2 c pcb2.

я так пологаю настройки pcad сохраняет при закрытии.
Значит сглючил PCAD1 c pcb1(ну не заливает). Создание новых pcbшников в PCAD1 приводило к тому же эффекту(COPPER POUR в них заливался.)

Закрыл Pcad1. открыл pcb1 в новом pcad3. Таже фигня.
Открываю pcb1 в pcad2 - все зашибись.

Закрыл все окна pcadа, последним закрыл pcad2. типа чтоб настройки свои сохранил.

Дальше все нормально. открываю pcb1 - все залито.