экземпляры модулей нижнего уровня подключаются в модуль верхнего примерно так:

module main (....)

wire [3:0] inp_for_submodule1, inp_for_submodule2;
wire [3:0] outp_for_submodule1, outp_for_submodule2;

submodule submodule_inst_1 (.inp(inp_for_submodule1), .outp(outp_for_submodule1));

submodule submodule_inst_2 (.inp(inp_for_submodule2), .outp(outp_for_submodule2));

endmodule


module submodule (inp, outp);
input [3:0] inp;
output [3:0] outp;

assign outp = ~inp;

endmodule