что-нибудь типа SPI1_MISO_1 и SPI1_MISO_2. Проблема будет исчерпана. Либо можешь в настройках Project->Project_Options->Error_Reporting в репорте "Duplicate Net" выставить значение "No Report". Что касается предупреждений, то либо их можно таким же образом отключить, либо переименовать. Предупреждения типа "has no driving source" имеют смысл при Signal Integrity. Я, когда просто рисую плату, их отключаю.