Top - собственно медь.

TopMask - зеленка. В этом слое всё, что нарисовано, будет отверстиями в зеленке (слой "инверсный"). По-умолчанию автоматом создаются отверстия чуть больше размера падов, чтобы зеленка не попадала на контактную площадку и не мешала пайке.

TopSilk - шелкография. Обычно это надписи (обычно белого или черного цвета), наносимые поверх зеленки. Могут и отсутствовать

TopAssy - графика элементов для сборочного чертежа. Многими конструкторами игнорируется и подменяется слоем шелкографии, но это не верно.

TopPaste - слой для изготовления трафарета, через который наносят паяльную пасту (в основном для пайки SMD-компонентов в печи). По-умолчанию в нем создаются отверстия чуть меньше падов.

Bottom, BotMask, BotSilk, BotPaste, BotAssy - всё то же самое, но на другой стороне платы.

Board - контур платы, а также всевозможные вырезы в ней