сделать Highlight нужной части схемы (или платы), а в плате (или схеме) оно автоматом тоже сделается Highlight. Только надо открыть сразу и схему, и сделанную из нее плату, а также в Options->Configure включить DDE Hotlink

Да, фрагменту, который Highligh, можно сделать Edit->Select Highlighted, а потом его, например, удалить. Лучше это делать маленькими кусочками, а не сразу полсхемы :=)