AVR программируется через SPI шину, питание у него отдельное. К шине SPI подсоединена еще FLASH память и FPGA которая этой памятью заведует, ну и у них общее питание. Будет ли проблема при программировании АВРа, когда другие девайсы не запитаны и не схудится ли им?