не три, а два клок-домена. Первый по DIOW (DIOR не клок, это разрешение чтения, т.е. управление направлением шины). Второй - основной ваш клок. Синхронизировать ничего особо не надо, по сути IDE это обычный "mailbox". он асинхронен со стороны IDE, и синхронен внутри. Надо всего лишь сделать грамотные сигналы ready в обоих направлениях.