Если fat у тебя будет располагаться в фиксированных секторах и изменяться на каждую операцию - быстро эти сектора будут затёрты до дыр. Погугли на тему FFS (Flash File System), JFFS (Journalling FFS), YAFFS (Yet Another FFS). Разработчики обычно преследуют две цели - wear leveling (балансировка износа секторов) и оптимизация процедуры стирания секторов, удобством пользования обычно жертвуют.