Люди PI регулятор делают. У Атмеля похожая апликуха AVR450 - там попроще, прибавляют 1 к ШИМ или вычитают, в зависимости от знака ошибки. Но тут многое зависит от требований к качеству выхода. PS Если надо всего лишь зарядить, то почему бы просто не включить фиксированный ШИМ и отрубить его сразу при достижении 36 вольт ?