ессно, не используя для этого одну и ту же ф-ию. В идеале, циклы подсчета должны отличаться. В разных CRC-счетчиках можно считать не всю память, а отдельные куски. Результат посчета не сравнивать со значением, а использовать в качестве какой-нить внутренней константы.
Так построена защита в скайпе. Там счетчики CRC разбросаны по всему коду и их около 400.