Защиты нет. Проблема может быть с векторами прерываний целевой программы - они находятся в том-же блоке flash памяти, что и стартовый вектор. Или рискОво перешивать, или - народ года 3-4 назад муссировал что-то типа ловушек в RAM для перенаправления векторов в нужные адреса целевой программы.