То есть требуется, как отдельный процесс, выработка правил проектирования, и дальнейшее ведение проекта в соответсвии с этими правилами. Эти правила могут быть различными для разных проектов, но они долдны быть. Более того, в серьезных компаниях существуют свои внутренние стандарты проектирования. Что касается основного вопроса - применяли, помогает. "Академические подходы" - это частности, которые могут помочь для некоторых типов проектов и оказаться вредными в других. Их существует множество и они нередко противоречат друг другу - просто потому, что предназначены для разных задач. "Выбирайте правила разработки ПО" - это главный совет, который дает Боэм в книге "Инженерное проектирование программного обеспечения".

По поводу литературы по роектирования программных систем. Тема старая, литература обширна. До сих пор хороша книга Майерса "Надежность программного обеспечения" - в оригинале издана в 1976 году, в издательстве "Мир" перевод вышел в 1980-м. Тогда еще не было даже ООП - авторы агитируют читателей использовать структурное программирование, но это позволило авторам сосредоточиться на базовых принципах проектирования надежного программного обеспечения, которые вообще-то остались неизменными.