Дело было на макетке, супервизор был удален от контроллера сантиметров на 8. К контроллеру через ключи был подключен мощный шаговый двигатель. Питалось всё это дело от большого трансформатора, стабилизатор 5 В был на этой же плате. FLASH портилась при включении/выключении трансформатора питания. Достаточно было отключить внешний супервизор или поменять топологию (расположить супервизор рядом с контроллером), как эффект пропадал.