В отличии от АТ89С52 АТ89S52 имеет режим последовательного низковольтного программирования в который микросхема переводится при высоком уровне на линии RST.
В этом режиме на линия P1.7 служит сигналом синхронизации (SCK), линия P1.5 входом данных (MOSI), а линия P1.6 - выходом (MISO). По линии MOSI передаются команды и данные в мкс. В этом режиме возможно как полное стирание микросхемы так и перезапись одного байта или lock бита.
У вас скорее всего на линии P1.7 и P1.5 присутствуют сигналы что меняются во время RST , что приводит к переводу мксх в режим программирования или стирания.
Для прекращения таких действий установите стабильные уровни на линиях P1.7 и P1.5 или (а лучше и) заблокируйте дальнейшую запись во флешь с помощью lock бита.