Интерфейс 93С46 не ориентирован на 8-битные слова. Поэтому последовательность битов, которую нужно согласно datasheet'у передать, следует дополнить слева нулями, так чтобы полное количество битов стало кратно 8.
Чтение. Установили CS. Первый байт: 0 0 0 0 0 0 0 1 Второй байт: | 1 | 0 | A5 | A4 | A3 | A2 | A1 | A0 | Третий и четвёртый байты 0х00. Снимаем CS. Запись. Установили CS. Первый байт: 0 0 0 0 0 0 0 1 Второй байт: | 0 | 1 | A5 | A4 | A3 | A2 | A1 | A0 | Далее идут два записываемых байта . Снимаем CS. Должно работать.