Причина - наличие в проекте более одного замкнутого контура в слое боард (видимо неспроста они ввели сответствующую команду Place Board Outline). Просто молча оставляет их незалитыми, ни на что не ругаясь. После размыкания всех, кроме одного контура (можно просто развести центры линий, перекрытие может оставаться) - все пучком.