Вот встретился с таким вопросом. Когда у нас плата 2, 3, 4 слоя меди, вопроса как бы и нет, хотя для 4 слойной платы уже начинаешь задумываться:
TOP вроде логично под сигнальный
Plane 1 - по идее лучше землю, если конечно у вас микросхемы в большинстве на TOP слое
Plane 2 - по идее под питание / доп. сигнальный
Bottom - сигнальный / питание

А вот на 6 слоёв платы, над которыми приходится последнее время трудиться, уже прям сильно приходится задумываться, тем более что высокочастотные компоненты типа DDR400 памяти прям таки заставляют задумываться. Возможно я не знаю каких-то технологических тонкостей сборки пакета плат, но вот какие есть размышления (пишу цифрой слой и далее какой по типу он будет, что не всегда однозначно):
1) TOP очевидно сигнальный, монтажный слой.
2) Уже задумываешься. Можно конечно пустить второй сигнальный, но он будет фонить с TOP сигнальным слоем и могут быть помехи на особо тщедушных высокочастотных сигналах. Так что по идее надо бы его отдать под землю? Ведь логично таким образом и тепло с микросхем собрать, и обеспечить им короткий путь по VIA до земляного полигона.
3) Если слой 2 был Plane-GND, то этот видимо будет сигнальный. И наоборот.
4) Если Plane-GND был на слое 3, то этот - Plane-VCС. Если нет - то сигнальный.
5) Либо Plane-VCC, либо сигнальный.
6) Bottom - тут сигнальный и монтажный слой.

Почему я расположил питающие слои симметрично - по моему мнению, если из расположить ассиметрично, при пайке (особенно) и даже просто при прогреве градусов до 50 при работе прибора, плата будет изгибаться, её потянут ассиметрично расположенные сплошные полигоны меди в Plane слоях.

Ну и собсно вопрос - кто что может сказать по поводу двух ваиантов, TOP-PlaneGND-IN1-IN2-PlaneVCC-Bottom и TOP-IN1-PlaneGND-PlaneVCC-IN2-Bottom ?
Сам склоняюсь что лучше вариант TOP-PlaneGND-IN1-IN2-PlaneVCC-Bottom, где на внутренних влияющих друг на друга слоях надо расположить разводку сильных, не мешающих друг другу сигналов. На TOP и Bottom, получается экранированных слоях, надо развести всю ВЧ кухню.