Эта помеха за пределы уровней сигнала на переменном резисторе не выходит. Так же и с энкодером. На его выводах ничего не может быть, кроме сигнала в пределах логических уровней. С какой частотой он переключается - не важно. Такой сигнал можно подавать на выводы процессора.