Приложение с gui (написанное с использованием библиотек qt) запускать из под xorg.
Грузится и работает машина еще на порядок быстрее (по сравнению с gnome).
Приложения с использованием библиотек qt, выполненные в qt designer (что- то напиминающее borland builder) работают без (gnome || kde) ok.
Проверял.
И пользователь, совершая любые действия, не будет имееть в руках привычного gui рабочего стола.
xorg (команда startx) && прикладную программу визуализации - запускать от имени пользователя с минимальными привилегиями. Остальные управляющие процессы можно запускать и от имени root.