Сегодня я нашел почему не работало. Первый таймер считал верно, второй отмерял время импульса/паузы верно, подпрограмма деления работала верно. НО, при передаче параметров из таймера в подпрограмму, данные портились (один регистр я задействовал для проверки порта, писал на асме, вот и проглядел). Еще раз убедился что чудес не бывает, бывают кривые руки)))).