Во-первых, тщательная гальваноразвязка каждого канала.
Во-вторых, правильный аналоговый вход с большим КОСС и аналоговым ФНЧ прямо на входе.
В-третьих, запас по диапазону АЦП, т.е. 0 мА должно давать код АЦП ни в коем случае 0x000, а не менее 10% от диапазона. Аналогично с верхним значением - 5 мА не должно упираться в верхнее значение, а должно 10% не дотягивать до него.
В-четвёртых, программный фильтр.

Только когда всё вместе реализуешь - только тогда будет работать правильно.

(Было дело, я разработал модуль аналоговых входов для технологического контроллера и внёс его в Реестр средств измерений. Абсолютная погрешность, приведённая к диапазону, не превышала 0.2%. Датчиками служили датчики метана от старой системы "Метан". Соединительные линии - кабеля КВВГ, ТППШв и т.п. с максимальным петлевым сопротивлением до 500 Ом, проложены рядом с силовыми кабелями 6кВ, 1140В и 660В с токами до 800А. Работало и соответствовало описанию типа.)