Рисуешь через Obstacle Tool (кнопочка в панели инструментов LayOut) полигон-заливку нужной тебе формы, предварительно задав Obstacle type - cooper pour, и выбрав нужный Obstacle layer - smtop для верхнего слоя, SMBOT - для нижнего. Результат - все что будет нарисовано в этом слое - будет выглядеть как окна в паяльной маске.