Это где написано про pull-up'ы при включении? Я знаю другое: при включении регистры портов обнуляются, а значит ноги порта - входы без никаких подтяжек. По сути. Да, резисторы не помешают на этапе отладки. Ибо высокий на МК - низкий на регистре означает сквозняк.