при отладке речи нет - разъём на проводочках. Для мелкой серии программирование через прислонютые контакты или рабочие разъёмы. В смысле MOSI-MISO-SCK например используются для связи между платами или на них перемычки или даже клавиши какие. Для крупной серии должна быть оснастка с пружинными контактами для прошивки-проверки. Ну и можно зашивать бутлоадер ещё до пайки.