Коментарий к этой части кода:
;Set RX DDS Phase
;Input: R2:R1 - phase code
;A - phase register number (0..3)

Т.е. речь идет вроде про фазу.

У Вас в R3 грузится (например) phase3 address
MOV R3,#DDS_Ph3

Потом в аккумулятор загружается
MOV A,#DDS_Cmd_WrFrDef+DDS_Ph_LSB

Т.е. писаться будет в регистр частоты

И добавляется содержимое R3
ADD A,R3

Вторым байтом у Вас последовательно передается R1 и R2, которые: Input: R2:R1 - phase code

Т.е. речь опять идет про фазу, но пишется то DDS_Cmd_WrFrDef и DDS_Cmd_WrFr - т.е. в частотный регистр!