Сказано : значение не "счётчика", а его младшего байта. Такая разность будет наблюдаться при возникновении прерывания во время разных команд (1,2,3,4 такта). Если ещё есть и критические секции (куски с запрещёнными прерываниями) - тогда вообще плохо.