Понял всё верно. Банальный RS-триггер действительно именно так и будет себя вести. Но ведь есть и более навороченные фазовые детекторы, например, на сравнении количества импульсов - у них не будет подобного поведения. Если частота импульсов с таходатчика меньше, чем опорная частота - скважность всегда будет 100%, а если частота с выхода таходатчика больше опорной - скважность будет 0, и только если частоты совпадают, скважность определяется фазой между импульсами.

Речь же идёт про применение МК? Для него внешний RS-триггер уже не нужен, а на МК можно реализовать любые алгоритмы управления.