>> А BIOS корректно его видит ?

Материнская плата - P5Q-VM с AMI BIOS (относительно свежая Low-End). В настройках про PCI упоминается только PnP. При старте не выводится список устройств.

>> А конфигурационное пространство всегда правильно читается ?

В приложении для диагностики, созданное Jungo WinDriver, при чтении конфигурационного пространства ошибок нет. Т.е. что задано - то и получено. А вот при чтении данных из областей BAR0 (I/O)/BAR1 (Mem) читается 0xFFFFFFFF и записать что-то другое не получается.
В ПЛИСовом проекте разрешен только 32-х битный обмен.

Придет коллега, протестирую плату на компьютере-близнице с установленной Windows XP.

На P5Q-Premier с Windows XP все работает как и задумывалось.