В пдф сказано, что порты вернутся в нормальное состояние сразу.

Disabling the Receiver
In contrast to the Transmitter, disabling of the Receiver will be immediate. Data from ongoing receptions will therefore be lost. When disabled (i.e., the RXENn is set to zero) the Receiver will
no longer override the normal function of the RxDn port pin.

Но почему то не возвращаются... Порт RX продолжает висеть в третьем состоянии.
Или я перевожу криво...

__disable_interrupt();
	UCSR0B = UCSR0B & (~0x80);
	_NOP();
	UCSR0B = UCSR0B & (~0x10);
	//CLK LOW
	ClrBit(PORTE,PIN_CLK);
	DDRE = DDRE | 0x04;

Должно быть притянуть к нуль, а оно болтается как трусы без резинки...