Еще можно было бы поиграться с процедурами записи, добавив проверку на какой-то внешний раздражитель (например на заводе нажимаем кнопку на датчике и только в этом случае программа чето имеет право записать, а на объекте уже кноп никто не жмет и программа ничего не пишет) - но это решение половинчатое, так как если у вас прибор всё равно получает какую-то хрень вместо команд то он может и по другому испортить настроение, например выдаст вам неверные значения измеряемой величины и т.п.
Только защищать протокол программно может действительно полноценно помочь. Контрольные суммы, возврат ошибок приема данных для повтора и т.п.