Обнаружилось несколько косяков:

1.Необходимо пользовать хорошие усб кабели.
Однажды столкнулся с тем что не звонились
экраны кабелей с двух концов(похоже кабель был без оплетки)
С данным кабелем были проблемы.
При возрастании уровня помех висла связь.

2.Проц который ведет обмен посредством FTDI должен определять что нет связи(например по тайм ауту или контрольной сумме пакета(это кто как организует обмен)).
При обнаружении обрыва проц должен аппаратно ресетнуть микросхему(
у нее есть ножка ресета).

3.Аналогично пункту 2 комп должен определить отсутствие связи
ресетнуть ftdi порт закрыть его а потом открыть.

Применение этих трех пунктов позволяет уверенно работать с данной микросхемой и ее приложением на компе.
Без всяких глюков.