Ответ: Про директиву .ORG слышали?
Хотя оперативка физически одна область, - просто не используйте переменные для Бутлодера в основной программе, а по каким адресам они будут находится - это без разницы.
И еще одна особенность - если Бутлодер у вас запускается только в нач момент, то можно не заботится о том что основная программа затрет память.