и прога бутлоадера начинает ждать команд из USB порта.
ЕСЛИ bootloader заточен под определенную тактовую частоту кварца, то он и не сможет работать с usb портом - тактовая частота не та. Загрузить пользовательскую прогу не удастся.
Вопрос - под кварц какой частоты скрнфигурена прога бутлоадера?