В Windows все в порядке. В Linux данные при записи в устройство циклически сдвигаются ровно на 1024 байта. Т.е., устройство представляется диском на 65536 байт. Я подготовил тестовый файл такого объема и пишу его в устройство. В результате данные в памяти оказываются сдвинутыми.
Для упрощения рисунков считайте, что устройство вмещает 256 байт. Тогда данные ложатся в память следующим образом:
Windows:
byte0, byte1, ..... , byte255

Linux:
byte254, byte255, byte0, byte1, ... , byte253.

Т.е., данные не теряются, но оказываются циклически сдвинутыми.

Если рассмотреть запросы, приходящие от машины (SCSI_Write(10)), то видно, что это именно машина заставляет устройство класть именно такие данные именно по таким адресам, выставляя адреса в заголовках запросов. Чудеса, да и только. В чем может быть дело ?