Любая программа, довольно сильно привязанная к железу МК, так легко не сдастся. Вы пробовали переводить программу с двухтаймерного микроконтроллера на однотаймерный, причём оба таймера в программе использовались? А ещё может понадобиться эмулировать UARTы из-за их нехватки в новом МК...

А бывают и реальные песцы. Предположим, есть некоторая глобальная переменная, используемая и в фоне, и в прерываниях. В первой версии программы (для старого МК) все операции с этой переменной (например, её инкремент) компилятор реализовывал атомарно, напр., одной инструкцией
inc [MyVar],
а для нового МК и нового компилятора эта же инструкция уже не будет атомарной, напр.,
mov Acc,[MyVar]
inc Acc
mov [MyVar],Acc
А вот вспомните ли Вы при переносе программы на новый МК эту особенность? Вряд ли. И обнаружится это не сразу, глючить будет нечасто, но регулярно.

Для себя я сделал вывод: программа для МК создаётся в контексте аппаратных особенностей железа МК и особенностей компилятора. Нет такого надёжного автоматического способа переноса программы с одного МК на другой, при котором Вам не пришлось бы просматривать КАЖДУЮ строчку Вашего кода. А раз так, то напишите программу заново, это не займёт много времени (т.к. перед Вами уже лежит "образец программы" для предыдущего МК), зато Вы будете гарантированы от глубоко запрятанных ошибок.