Частенько отказывается разводить внутри прямого угла, образованного каким-нибудь проводником - делаю мелкими шажочками, т.е. не сразу как надо, из пункта А в пункт Б, а частями.
С полигонами тоже было пару раз, как победил - сам не понял. Профилактика следующая - не используйте(всеми силами избегайте) использования в проекте одновременно дюймов и метров. Это касается и создания компонентов. Я использую только милиметры, а надо милзы - так не проблема 2.54мм, 0.127мм и т.д. Для PCADа вредны не дробные числа, а именно переключение с одной системы на другую. И без нужды не мельтешите сетками, особенно на полигонах.