Делал по-всякому, в том числе часто грузился со второго винта. Никогда не было проблем.

Ссылка про ARC-пути малость не в тему. Единственная причина, когда поможет редактирование этого пути, это когда винда и биос по-разному нумеруют диски. Не могу поверить, что такое может реально произойти, т.к. естественная упорядоченность IDE устройств и ежу понятна: сначала IDE0 мастер, слейв, потом IDE1 мастер, слейв.

По поводу номера раздела - да, бывает, я тоже как-то исправлял в boot.ini номер партиции, но этому предшествовала ручная правка таблицы разделов, когда я добавил новый раздел перед существующим, сдвинув старый на строчку вниз (или не сдвигал - уже не помню). Но замечу, что коррекция номера раздела вообще к обсуждаемой проблеме не относится - Вы говорите о том, что винда якобы путает два разных диска rdisk(), а не разделы partition() на одном диске. Видимо, эти два разных понятия смешались у Вас в голове...

Я допускаю, что винда может ошибиться при вычислении номера раздела, если перед её установкой винт уже был размечен непривычным для винды способом. Но я не верю, что на загрузку винды влияет мастер/слейв. Вы так и не описали ни одного конкретного случая, когда это чётко проявлялось бы.